La chiesa di S. Giovanni a mare o di San Giuseppe venne edificata tra la fine dell’XI e l'inizio del XII secolo all’esterno della cinta muraria. Il luogo di culto è composto da 3 navate sorrette da materiale lapideo romano e medievale. La chiesa, in stile bizantino a croce latina, presenta al centro una cupola decorata dall’esterno con motivi arabeggianti databili all’XI secolo. L’altare appare notevolmente rialzato rispetto al piano dell’assemblea e il pavimento è particolarmente inclinato per garantire una maggiore prospettiva al luogo di culto: per questo motivo è suggestivo ricordare la tradizione popolare che vedeva l’acqua del mare entrare in chiesa e facilmente defluirne grazie al pavimento inclinato: bisogna considerare, però che dal Cinquecento qualche metro avanti la facciata della chiesa correvano i bastioni che cingevano tutto l’abitato.

I restauri del 1928, promossi dal Ministro Pietro Fedele ed avvenuti sotto la direzione di Gino Chierici, portarono alla rimozione degli arredi posteriori all’età medievale; portando alla luce resti di affreschi dei primi anni del Trecento, attribuiti alla scuola del Cavallini (pitture in parte staccate ed oggi esposte nel Museo Diocesano, Visitazione, S. Agata, Madonna con Bambino in trono e S. Lorenzo). In età barocca nella chiesa erano presenti diversi altari, per lo più in stucchi, dedicati a S. Sebastiano e S. Rocco, SS. Cosma e Damiano, SS. Rosario, S. Gaetano, S. Giuseppe. Quest’ultimo altare era patronato della Confraternita dei falegnami (1628) da qui il secondo nome della chiesa. Agli inizi del XVIII secolo fu dato alla facciata l’aspetto attuale, con semplici volute laterali e campanile a vela. Alla fine dell’Ottocento la chiesa fu dotata di un piccolo organo di scuola napoletana, rimasto in situ almeno fino agli anni Sessanta del secolo scorso.

Durante i restauri del 1928 l’altare maggiore fu trasferito nella chiesa di S. Maria della Catena e sostituito dall’attuale, realizzato riutilizzando una lastra di sarcofago romano con ippogrifi rimaneggiato già nel quattrocento. Sempre durante i lavori vennero ritrovati alcuni frammenti decorativi medievali e un’urnetta cineraria, oggi murati nelle pareti  laterali. Resta traccia del pavimento marmoreo originale della chiesa in uno dei gradini antistante l’altare.

Nel corso dei secoli la chiesa subì numerose espoliazioni essendo proprio a ridosso della cinta muraria; scampata ai bombardamenti del 1943, continuò ad essere officiata e fu sede di concerti organizzati dall’Associazione S. Giovanni a mare. Successivamente fu saltuariamente officiata fino al 1998, quando venne chiusa per interventi urgenti di restauro. Recentemente sono stati restaurati gli affreschi (2011-2012) e nel 2015 si è proceduto al restauro dell'intera struttura attraverso l'Art Bonus.

Accessibile ai disabili. Presenti due gradini all'ingresso principale e rampa laterale